2023/8/29追記：
Ver11.00.09のバージョンアップにて、「36協定届」の電子申請に対応しました。
「36協定」は、『台帳』から電子申請をおこなうことができません。
「36協定」の電子申請は、e-Govから直接申請をお願いいたします。
なお、e-Govからの36協定の電子申請方法については解説動画をご用意しております。お役立ていただければ幸いです。
※2022年2月15日追記
2021年末頃に、36協定の業務ソフトを利用しての電子申請に関する仕様が公開されました。
『台帳』での電子申請対応については検討中です。対応が決まりましたら、こちらの記事への追記にてお知らせいたします。
e-Govからの電子申請方法を動画で解説！！
本記事内の動画にて、e-Govから「36協定」の手続きを電子申請する方法をご紹介します。動画では「時間外労働・休日労働に関する協定届(各事業場単位による届出)(特別条項付き)」の申請をおこなっております。
紙で提出される場合、事業所様と労働基準監督署との間で郵送のやり取りが必ず発生しますが、電子申請をおこなうとこのような作業時間を大幅にカットすることができます。また、事業所の使用者・労働者代表の押印も不要です。(あくまで行政に届け出る協定届に対してであり、労使協定を締結する際の労使の署名・押印は必要です。)
動画をご覧いただき、e-Govからの電子申請をぜひお試しください。
※誠に恐れ入りますが、e-Govからの電子申請方法に関するご質問については、弊社ではお答えいたしかねます。e-Gov利用者サポートデスクへ直接お問い合わせください。
【動画】更改後のe-Govからの電子申請方法
動画の内容で押さえておきたいポイント
申請前に用意するもの
以下のものを事前にご準備いただくと電子申請をスムーズに進められます。
- 会社情報(法人番号、所在地、代表者氏名、電話番号)
- 協定届に入力する内容のメモ等
- 社労士が代行する場合は、提出代行証明書のファイル
- (様式に応じて必要な添付書類)
申請後の注意点
36協定の電子申請では他の申請のような「公文書」は発行されず、「受理印が付された申請書の控え」が発行されます。
マイページ内の「申請案件一覧」内で該当の申請を選択し、「公文書」もしくは「公文書をダウンロード」をクリックします。
ダウンロードされたZIPファイルを展開するとPDFが格納されております。
このPDFが「受理印が付された申請書の控え」です。イメージは下図です。こちらをデータもしくは紙で事業所様にお渡しください。 
事業場が複数の場合
同じ会社で複数の事業場を同時に申請する場合、申請内容を毎回0から全て入力するのは手間がかかります。動画ではご案内しておりませんが、1つ目を作成した後、申請を提出する直前に「申請データを保存」すれば再入力の手間を省くことが出来ます。(トライアル環境では不可能な操作です)
まずは申請入力画面最下部の「申請データを保存」をクリックします。デスクトップ等保存先を指定した後にお好きなファイル名を入力し、「保存」をクリックします。
1つ目の申請はこのまま「内容を確認」で申請に進んでいただいて構いません。「内容を確認」以降の操作は動画にてご確認ください。
次に、1つ目の申請が終わりましたらログイン後のマイページトップに戻り、最下部の「作成済みの申請書を読込」をクリックします。デスクトップ等に保存したファイルを参照(ドラッグアンドドロップも可能)して、「読込」をクリックします。
読み込みが完了しますと、最初に保存した状態の申請入力画面に遷移します。
あとは、事業場にあわせて申請内容や提出先を編集し申請を繰り返すのみです。
e-Govの利用準備について
リニューアル後のe-Govでは電子申請の前に、あらかじめ申請をおこなう「アカウント」を準備するほか、ブラウザの設定、アプリケーションのインストール等の利用準備が必要です。 e-Govポータルサイト＞e-Gov電子申請サイト＞利用準備に記載されている順番で、まずはパソコン環境の設定をお願いします。 ＜参照：e-Gov電子申請サイトのログイン方法及びアカウントの作成について＞
e-Govへのログイン方法について
動画では、e-Govポータルサイトから電子申請画面へログインする方法をご案内しておりますが、その他e-Gov電子申請アプリケーションを起動してログイン画面へ進む方法もございます。 e-Govを利用する場合のログイン方法は以下の通りです。
- e-Govポータルサイトから、e-Gov電子申請サイトへ進み、ログインボタンからログイン（※動画で案内している方法）
- 利用準備でインストールしたe-Gov電子申請アプリケーションを起動してログイン
